Der Lehrstuhl für Bioinformatik benutzt den Computer als wichtiges Werkzeug, um mehr über zelluläre Prozesse, beteiligte Moleküle und ihre Interaktionen zu erfahren. Entsprechend befasst sich die Arbeitsgruppe Dandekar mit der Analyse von RNA und Proteinmolekülen, wobei ausgehend von der Sequenz auch Domänenaufbau, Struktur und Funktion berücksichtigt werden. Aus solchen Komponenten bestehen zelluläre Netzwerke, entweder für den Stoffwechsel (Enzymketten), die insbesondere bei Bakterien, aber auch bei anderen Organismen (Mensch) untersucht werden mit dem Ziel sie genauer zu verstehen, ihre Rolle bei der Anpassung von Organismen und ihrem Stoffwechsel sowie bei Infektionen. Es gibt aber auch regulatorische Netzwerke, etwa für Zellzyklus, Krebsentstehung, Blutgerinnung, Zelldifferenzierung, Stressanpassung – die in einer Reihe von Projekten bei höheren Organismen insbesondere untersucht werden (Mensch, Maus, Arabidopsis, Bärtierchen sowie auch bei Bakterien). Spezialisierte Zelltypen, die uns bei diesen Modellen besonderes interessieren sind Blutplättchen, Nervenzellen, Leber-, Immun- und Hautzellen.

- Weitere Arbeitsgruppen komplementieren diese Forschungsinteressen und betrachten die Evolution von Proteinen (AG Prof. Jörg Schultz), etwa beim Splicing, der Blutgerinnung, bei Krebs, aber auch die Evolution von Kinasen, Aktinzytoskelett bei einer Reihe von Organismen (Ciliaten, alle Animalia, Mensch).

- Die AG Matthias Wolf betrachtet die Phylogenie und RNA-Stammbäume, ein zentrales Werkzeug ist dabei die ITS2 Datenbank (Wolf, Schultz).

- Außerdem haben wir eine AG die sich statistischen Methoden, etwa bei der Genexpressionsanalyse oder auch in der Ökologie und bei Genomanalysen und Phylogenie verschrieben hat (Dr. Tobias Müller).

- Schließlich haben wir die AG Dr.Dittrich, die sich das Interaktom, also Protein-Protein Interaktionen anschaut, im Zentrum steht dabei das Humaninteraktom und dort das Proteom und das Signalling im Blutplättchen.

Die wichtigsten Forschungsthemen/-bereiche in Schlagworten: Computational Biology

Dandekar: regulatory and metabolic networks, RNA, Proteine, Signalling, Elementarmoden, Infektionskrankheiten, Genomannotation, Bakterien, Viren (Vaccinia), Systems biology, synthetic biology

Schultz: Proteinevolution, Proteindomänen, Genomanalyse, Animalia, Signalling, Kinase, PERL, large-scale computing

Wolf: Tree of life, ITS2, ribosomal RNA, höhere Pflanzen, Phylogenie

Müller: Statistik, HMM, PCA, classification, Genexpressionsanalysen, Vorhersagen, Testen von Hypothesen

Dittrich: Interaktom, PlateletWEB, Thrombozyten, Kinasen-Netzwerk, Blutgerinnung

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