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Chair of Bioinformatics

Hot Links, Media and Outreach

Hot Links

Alignment/Stammbäume

CLUSTALW/Clustal Omega https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/

MUSCLE https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/muscle/

PHYLIP https://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html

Datensätze zu biologische Größen/Biotechnologie/synthetische Biologie

BioNumbers https://bionumbers.hms.harvard.edu

BioBricks https://biobricks.org/

GoSynthetic https://gosyn.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de/index.php

Dotplot

Dotter https://sonnhammer.sbc.su.se/Dotter.html

GEPARD https://mips.gsf.de/services/analysis/gepard

JDotter https://athena.bioc.uvic.ca/virology-ca-tools/jdotter/

 

Funktionsdatenbanken

Functional Glycomics https://www.functionalglycomics.org/; https://ncfg.hms.harvard.edu/

Gene Ontology https://www.geneontology.org

 

Gehirn-Baupläne

Blue Brain Projekt (EU) https://bluebrain.epfl.ch/

Brain Activity Atlas https://www.brainactivityatlas.org/

Brain Activity Projekt (USA) https://www.braininitiative.nih.gov/

Connectome-Projekt https://www.openconnectomeproject.org

Mouse Brain Connectivity Atlas https://mouse.brain-map.org/static/atlas

Neuroaktivitätsdetektion https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23537512

Temporal lobe https://www.temporal-lobe.com/background/connectome

Virtual Insect Brain Lab https://www.neurofly.de/

WormWiring https://wormwiring.org/

Wurmatlas https://www.wormatlas.org/

 

Genomannotation/Genannotation/Sequenzanalyse/Online-Bibliotheken/Experimetelle

Datensätze

BLAST https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

GenScan https://genes.mit.edu/GENSCAN.html

RepeatMasker https://www.repeatmasker.org/

ENCODE https://www.encodeproject.org

Ensembl https://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Info/Index

GATK Workshop https://software.broadinstitute.org/gatk/guide/

article?id=7869#1.3

Genomic Science Program https://genomics.energy.gov

Human Genome Project https://web.ornl.gov/sci/techresources/Human_Genome/

index.shtml

UCSC https://genome.ucsc.edu/

DDBJ (DNA Data Bank of Japan) https://www.ddbj.nig.ac.jp/

EBI https://www.ebi.ac.uk/services

European Bioinformatics Institute (Portal), besonders gut für Bioinformatik: Bioperl, Biojava, Programm-Module

iGEM Parts https://igem.org/Main_Page

MEDLINE/NCBI/PubMed https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/

National Center of Biotechnology Information: Allgemeiner Einstieg, viele Datenbanken und Software (Portal)

NIH https://www.genome.gov

OMIM https://www.omim.org/

Swiss Bioinformatics Institute (Portal mit dem Expert Protein Analysis System): https://www.sib.swiss/

WebDirectory https://www.biologydir.com/over-population/p1.html

Computational Population Biology https://compbio.cs.uic.edu/

GENEVESTIGATOR https://genevestigator.com/gv/

GEO https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/

 

Grafikprogramme, Modellierung und Netzwerkanalyse

CellDesigner https://www.celldesigner.org/

CellNetAnalyzer https://www2.mpi-magdeburg.mpg.de/projects/cna/cna.html

Cytoscape https://www.cytoscape.org/

COBRA https://opencobra.github.io/

COPASI https://copasi.org/

Flux balance analysis https://systemsbiology.ucsd.edu/Downloads/FluxBalanceAnalysis

Jimena https://www.biozentrum.uni-wuerzburg.de/bioinfo/computing/jimena-c/

MATLAB https://de.mathworks.com/products/matlab.html

Metatool https://pinguin.biologie.uni-jena.de/bioinformatik/networks/metatool/

Odefy https://www.helmholtz-muenchen.de/icb/software/odefy/index.html

PLAS https://enzymology.fc.ul.pt/software/plas/

PottersWheel https://www.potterswheel.de/Pages/

SQUAD https://www.vital-it.ch/software/SQUAD

YANA/YANAsquare https://www.biozentrum.uni-wuerzburg.de/bioinfo/computing/yanasquare/

 

Interaktionsdatenbank, Medikamenten-Interaktionsdatenbank

catRAPID https://s.tartaglialab.com/page/catrapid_group

HPRD https://hprd.org/

iHOP https://www.ihop-net.org/UniPub/iHOP/

KEGG https://www.genome.jp/kegg/

NPInter https://www.bioinfo.org/NPInter/

PlateletWeb https://plateletweb.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de/plateletweb.php

Roche Pathways https://biochemical-pathways.com/#/map/1

STRING https://string-db.org

DrumPID https://drumpid.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de/compounds/index.php

STITCH https://stitch.embl.de/

EcoCyc https://ecocyc.org/

 

Lokalisations-/Motiv-Vorhersage

LocP https://ekhidna2.biocenter.helsinki.fi/LOCP/

LocSigDB https://genome.unmc.edu/LocSigDB/

nucloc https://www.nucloc.org/

NucPred https://www.sbc.su.se/~maccallr/nucpred/

SignalP https://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/

TMHMM https://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/

Functional Glycomics https://www.functionalglycomics.org/

ELM https://elm.eu.org/

 

Programmiersprachen

Biojava https://biojava.org/

BioPerl https://bioperl.org/

C++ https://www.cplusplus.com/

Java https://www.oracle.com/technetwork/java/index.html

Perl https://www.perl.org/

Python https://www.python.org/

R https://cran.r-project.org/

Bioconductor https://www.bioconductor.org/

 

Promotoranalyse

AIModules                           https://aimodules.heinzelab.de/#/

ALGGEN PROMO

https://alggen.lsi.upc.es/cgi-bin/promo_v3/promo/promoinit.

cgi?dirDB=TF_8.3

Genomatix https://www.genomatix.de/

JASPAR https://jaspar.genereg.net/cgi-bin/jaspar_db.pl

MotifMap https://motifmap.igb.uci.edu/

TESS https://www.cbil.upenn.edu/tess/

TRANSFAC https://www.gene-regulation.com/pub/databases.html

 

Proteinanalyse

AnDom

https://andom.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de/index_new.

html

CATH https://www.cathdb.info/

Conserved Domains https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/wrpsb.cgi

ExPASy https://www.expasy.org

InterPro https://www.ebi.ac.uk/interpro/

MODELLER https://salilab.org/modeller/tutorial/

PDB https://www.rcsb.org/pdb/home/home.do

Pfam https://pfam.xfam.org/

ProDom https://prodom.prabi.fr/prodom/current/html/home.php

PRODORIC https://prodoric.tu-bs.de/

PROSITE https://prosite.expasy.org

PyMOL https://www.pymol.org/

QUARK https://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/QUARK/

Ramachandran-Plot https://mordred.bioc.cam.ac.uk/~rapper/rampage.php

RasMol https://www.openrasmol.org/

SCOP (old) https://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/

SCOPe updated https://scop.berkeley.edu/

SMART https://smart.embl-heidelberg.de/

SWISS-MODEL https://swissmodel.expasy.org

UniProt/Swiss-Prot https://www.uniprot.org/

 

RNA-Analyse

ITS2 https://its2.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de/

LNCipedia https://www.lncipedia.org/

mfold Webserver https://unafold.rna.albany.edu/?q=mfold/RNA-Folding-Form

microRNA.org/miRanda https://www.microrna.org/microrna/home.do

miRBase https://www.mirbase.org/

regRNA https://regrna2.mbc.nctu.edu.tw/             (not working, use instead RFAM):

Rfam https://rfam.xfam.org/

Riboswitch-Finder https://riboswitch.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de/

RNAAnalyzer https://rnaanalyzer.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de/

RNAfold Webserver https://rna.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/RNAWebSuite/RNAfold.cgi

TargetScan https://www.targetscan.org

tRNAscan https://lowelab.ucsc.edu/tRNAscan-SE/

Vienna Package https://www.tbi.univie.ac.at/RNA/

Media and Outreach

Unterstützung für WueLab, Forschung und Förderung der Kultur der Nachhaltigkeit Transformationsexperimente

Klimapflanzen - WueLab Beitrag

Wer kennt es nicht? Gerade in mühseliger Arbeit aus dem Garten entfernt, wuchern die Unkräuter in der nächsten Woche schon wieder nach, gefühlt sogar mit doppelter Geschwindigkeit. Um diese wundersame Leistung zu erbringen nutzen Pflanzen neben Licht, sowohl Wasser und Nährstoffe aus dem Boden, als auch Kohlenstoffdioxid aus der Luft, welches im Prozess der Photosynthese, in Sauerstoff umgewandelt wird. Je mehr eine Pflanze an Biomasse zunimmt, desto mehr CO2 kann sie der Atmosphäre entziehen. Pflanzen wirken somit als natürliche Kohlenstoffsenke und sind deshalb Gegstand der Forschung für mögliche Klimamilderungsstrategien an der Julius-Maximilians-Universität (JMU) in Würzburg. An der JMU gibt es verschiedene vielversprechende Ansätze, um Pflanzen zu identifizieren, welche besonders gut für diese Aufgabe geeignet sind.

Auf praktischer Ebene ist ein naheliegender Ansatz, Bäume zu identifizieren und kultivieren, welche in kürzester Zeit sehr viel Biomasse produzieren. Dieser Aufgabe hat sich ein Forschungsteam unter der Leitung von Prof. Jörg Müller gewidmet. In der ökologischen Außenstation der JMU im Steigerwald wollen die Forscher gezielt natürliche Varianten von Bäumen (Protzen) identifizieren (Bild), die fähig sind, eine größere Menge CO2 zu speichern, als herkömmliche Bäume, jedoch auch klimarestistent sind und in der Nähe von Städten gut wachsen können. Herr Müller bietet an seinem Lehrstuhl Praktika, Knowhow und Forschungsarbeiten an, um der Waldökologie in Zeiten des globalen Wandels auf den Grund zu gehen und freut sich auf interessierte Studenten.

Auf theoretischer Ebene gibt es an der JMU ebenfalls Ansätze mit großem Potenzial. Der Lehrstuhl für Bioinformatik beschäftigt sich schon lange mit der Aufgabe, Stoffwechselwege in Pflanzen, sogennante Pathways, mit Hilfe des Computers zu untersuchen. Ein Ziel ist es beispielsweise, durch die Untersuchung von Pathways verschiedener Pflanzen, Methoden zu identifitzieren welche es manchen Pflanzen erlaubt, mehr CO2 aufzunehmen als anderen. Im Moment prüfen die Forscher der Bioinformatik Transkriptomdaten, um heraus zu finden, wie sich die metabolischen Flüsse in Modellpflanzen, wie zum Beispiel Arabidopsis thaliana, aber auch bei Algen und Bäumen ändern, wenn die CO2-Konzentrationd er Atmosphäre steigt.

Auf didaktischer Ebene bietet der Lehrstuhl für Bioinformatik der JMU verschiedene Möglichkeiten an, um tiefer in das Thema Klimapflanzen und andere Klimamilderungsstrategien einzutauchen. In den Master-Praktika F1 und F2, kann man alles über die bioinformatiche Modellierung von Klimapflanzen und die experimentelle Validierung lernen. Ein weiterer sehr empfehlenswerter Kurs ist „Smart City“, in dem es um die Vision einer modernen intelligenten und nachhaltigen Stadt geht.

"Bioinformatik" (Dandekar and Kunz, second edition WS 2021, english edition SS 2023)

"Regulatory RNA" (Dandekar and Sharma, 1998)

"RNA Motifs and Regulatory Elements" (Dandekar, ed.; Dandekar, Bengert, Ostareck and Ostareck-Lederer, 2002)

"Auxins and Cytokinins in Plant Biology" (Dandekar and Naseem, 2017)

 

Sendung "Retten Super-Pflanzen unser Klima?" am 17.06.2020 bei "nano" in 3Sat
(Link zur Mediathek: https://www.3sat.de/wissen/nano/200617-co2-absorber-genpflanzen-mit-klimaturbo-100.html)

Sendung "Bioinformatik" am 13.02.2014 bei "Scobel" in 3sat